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「メダカのゲノム」Jabion注目ニュース

2007-06-11

メダカは古くから日本人に親しまれている魚です。最近では野生のメダカを見る機会は少なくなってしまいましたが、東南アジアに近縁種が広く分布する小型の淡水魚です。古くから愛玩用にも飼育されていますが、飼育が容易で観察がしやすいことから、遺伝学や発生学の研究にも広く使われています。2007年6月7日のNature誌に、日本のゲノム研究グループがメダカ全ゲノムの概要配列決定と情報解読の論文を発表しました。硬骨魚類としては2種類のフグゲノムに次ぐものですが、メダカは、決定されたゲノム構造の品質が遙かに高いこと、また、日本のメダカ研究者の長年の努力によって、研究に適した実験系統が維持され数多くの遺伝情報が知られていることなどの優れた特徴があるいことから、硬骨魚類の標準ゲノムとして利用されるようになるでしょう。メダカゲノムの概要配列が決められたことにより、遺伝子の機能を実験的に調べたり、環境変化がゲノムに与える影響を調べたりするなどの基礎研究から応用利用にいたる広い範囲の利用が期待されます。(FJ)

システム障害のお知らせ。

2007-06-11

6月9日～11日午前までシステムの障害が発生しました。現在は復旧しております。

コラム：「進展する糖鎖研究」を掲載しました。

2007-06-08

糖鎖に関する各マスメディアの情報には、先端の研究成果から健康ブームに乗じたものまで、さまざまなものがあります。そもそも糖鎖とはどんなものなのか？少し詳しく見ていきましょう。

バイオ新聞記事検索サービスを都合により6月1日にて終了させていただきます。

2007-05-31

バイオ新聞記事検索サービスを都合により6月1日にて終了させていただきます。ご利用のみなさまには大変申し訳ございません。今後はJabion最新バイオニュース一覧の検索サービスや、Jabion注目ニュースをご利用下さいますようよろしくお願いいたします。

シンポジウムお知らせ6月3日東京「人間と人間性の進化的起源」京大霊長類研Jabion注目ニュース

2007-05-30

京大の霊長類研究所の創立４０周年記念・日本の霊長類学６０周年記念のシンポジウムが東京で開かれます。演者は、チンパンジーの研究で有名な松沢博士をはじめ、タイム誌が選んだ今年の「世界に最も影響力のある１００人」の中から、「政治をするサル」や「サルとすし職人」の著書で知られる行動学者のドゥバール博士、ネアンデルタール人のＤＮＡ解析をしたことで著名なゲノム学者ペーボ博士のお話が聞けます。

「ヌタウナギの個体発生から進化を探る」Jabion注目ニュース

2007-04-13

ヌタウナギはその名の通り捕らえられるとヌタヌタした粘液を大量に出すウナギのような姿をした深海の生き物で、顎が無く口は円形で目は退化し脊椎も無いことから魚類に分類されず、円口動物のヤツメウナギに近いとされてきました。飼育観察された記録もほとんど無く、実験材料にもなりにくいことから、これまでこの生き物の進化上の位置ははっきりしませんでした。理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの太田さん達はこのヌタウナギと脊椎動物の進化の関係を明らかにするため、漁師さんの協力でヌタウナギを生きたまま捕獲し実験室での飼育に挑戦し、人工飼育に世界ではじめて成功、さらに卵をふ化させて発生の様子を観察することにも成功したのです。太田さんはヌタウナギの胚を使って、脊椎動物の発生初期に特徴的に見られる神経堤細胞の存在を確認しました。神経堤細胞は神経管の背中側の表皮との間から生じる細胞で、全身に移動して感覚神経や色素細胞になります。論文にはヌタウナギの神経堤細胞の様子が詳細に観察されています。ヌタウナギが脊椎動物の基本的なボディープランを持っていることを考えると、ヌタウナギやヤツメウナギなど脊椎動物の共通祖先もすでに同じものを備えていたと思われますが、その年代を論文ではヌタウナギが分岐した5億年前までさかのぼると指摘しています。ところでこのヌタウナギの胚発生、非常にゆっくり進むようで、理由はわかっていませんが、発生過程は明らかにされても、まだまだ神秘的な生き物であることは間違いないようです。

「カエルが泣いている」Jabion注目ニュース

2007-03-29

ここのところ小さな生きものカエルの危機を伝えるニュースが続いています。昨年末、カエルツボカビ症がついに日本に上陸したというニュースがありました。ツボカビ症はカビの一種Batrachochytrium dendrobatidisが原因の両生類の感染症です。集団で感染し致死率が高く両生類にとっては非常に恐ろしい病気です（カエルツボカビ症について・WWFジャパン）。すでに世界で猛威をふるっていましたが、日本には輸入されたカエルから持ち込まれたと思われます（カエルツボカビ症追加ニュース・静岡県淡水生物館）。日本が世界の国から捕獲や輸入が禁止されている動物を輸入してペットショップで売られるニュースは、悲しいことによく目にするニュースの一つですが、カエルも同じように売買されているのです。もともとの生息地の生態系に影響を与えることはもちろん、カエルツボカビ症のような病気が一緒に持ち込まれれば、日本のカエルはあっというまに激減するに違いありません。病気だけが問題ではありませんオーストラリアに外から持ち込まれて繁殖したオオヒキガエルは、なんと普通の個体の二倍の大きさに成長し、生態系への影響が問題になっているそうです（オーストラリアで巨大カエル発見・CNN.co.jp)。日本にはどんなカエルが住んでいるのか勉強するには、カエル探偵団の日本産カエル類データベースがおすすめです。

3/28シンポジウムお知らせ：国際ワークショップ-脊椎動物の起源、ゲノム生物学と情報学からのアプローチ

2007-03-27

3月28日学術総合センター２Fの一ツ橋講堂（東京都千代田区一ツ橋２－１－２)　にて、文部科学省科学研究費補助金特定領域研究「比較ゲノム」領域主催の国際ワークショップ、Origin of Vertebrates: Approaches from Genome Biology and Informatics　が開かれます。このワークショップは、脊椎動物の起源について、海外からの招待者４名を交えてさまざまな視点から研究交流を行い、ゲノム研究のさらなる推進と拡大を目的として企画されました。ホヤやメダカなど様々な生物の比較ゲノムや発生学研究の成果が発表されます。当日参加が可能です。ふるってご参加下さい。

注目ニュース：「配列解析か化石か-ヒトとチンパンジーの祖先をめぐって-」

2007-03-14

ヒトの遠い遠い祖先、アウストラロピテクスの有名な化石（ルーシーというニックネーム）がアフリカのエチオピアで見つかったのは1974年。二足歩行の特徴があることから猿とは別の猿人で、生きていたのは300万年から400万年前頃とされています。その後も、さらに古い時代の化石が発見され、2001年にチャド共和国で発見されたサヘラントロプス（トゥーマイというニックネーム）はなんと700万年前まで遡りました。ヒトはチンパンジーと共通の祖先から分かれて進化したとされています。ですから化石の研究によると700万年以上前の分岐ということになりますが、ゲノム配列のコンピューター解析を通じて、この分岐の年代を推測した研究がHobolthさんらによって発表されました。ヒトとチンパンジーとゴリラとオランウータンのゲノム190万塩基分を隠れマルコフモデル(HMM:Hidden Markov Model)というちょっと難しい確率モデルを使って分岐の年代を予測しました。それによると、はじめにオランウータンの分岐がおこった時点から現在までを1,800万年とすると、ヒトとチンパンジーが分岐したのは410万年±40万年ということになったそうです。その時に必要な集団のサイズが65,000±30,000（人？猿？）ということも予測しました。化石の年代からするとかなり最近ということになりますので、700万年前のサヘラントロプスの化石はいったい誰？ということになり、これには異をとなえる研究者もあるようです。また最近のゲノム解析の結果から、ヒトとチンパンジーはそれぞれの種に分かれてからしばらくの間は交雑していたのではないかとも考えられています。それら様々な想定を考慮に入れ計算をするとなると、色々な結果がこれからも出てくるかもしれません。いずれにしてもヒトとチンパンジーの祖先論争は人類学に進化学、集団遺伝学、ゲノム学、バイオインフォマティクスと、すごいことになってきたようです。(SK)

注目ニュース：「ピロリ菌は人類の歴史とともに」

2007-03-02

2005年オーストラリアのウォーレン博士とマーシャル博士が、ピロリ菌（Helicobactor pulori）の発見と胃炎や胃潰瘍における役割の研究においてノーベル賞を受賞したのは記憶に新しいところですが、それまで、胃のような強い酸性の環境下には菌は生息しておらず、胃潰瘍はストレスが主な原因とされていました。現在ではピロリ菌には全世界の半数以上の人が感染していると言われます。ドイツ・マックスプランク研究所のLinzさんらのグループは、世界各国の人の胃の中のピロリ菌の遺伝子配列を調べ、それが民族の移動の歴史とぴったり重なることを明らかにしました。ピロリ菌も人類と同じように東アフリカを起源とし約5万8千年前ごろから世界に広がったようです。ナポレオンがピロリ菌に感染していたという研究報告もありますが、他の古い文書にも胃潰瘍の記述が存在するのでしょうか。遺伝的系統解析と系統地理学の融合研究から人類の歴史がひもとかれたスケールの大きな研究成果でした。(SK)

3/1シンポジウムお知らせ：ライフサイエンスのデータベースの現状がわかる

2007-02-24

今世紀になって人類が生み出した情報の総量はそれ以前に人類が見た情報の量よりもはるかに大きいとされています。いわゆる「情報爆発」です。ライフサイエンスの分野においてもテクノロジーの進歩のおかげで大量のデータが産出され、それらのデータを格納し利用するためのデータベースが林立、その中から適切なエントリーを見つけ出すのは難しくなってきています。またデータベースの中身にも色々ありますが、ゲノム配列を格納するデータベースに注目して見ると、シーケンサーが解析したAGCT・・・のじゅ文のデータが出たところでまだ道は3割程度。その後に-配列の何番から何番目にxx遺伝子がある-といった生物学的に重要な情報を書き足すアノテーション（注釈付け）という作業が待っています。このとき計算機とプログラムの力を借りるのですが、情報の半分以上は結局人手で調べないとわからないことも多く、ゲノム解読実験が終わったはいいが、アノテーションが終了するまでに一山も二山もあるのです。このようなライフサイエンスのデータベースの現状と将来についてシンポジウムが開かれます。日本の三大データベース、DDBJ（五條掘先生）KEGG（金久先生）PDBj（中村先生）のお話の他、日本の統合データベース戦略についても話し合われる予定です。ライフサイエンスのデータベースについて知りたい方はもちろん、あまりの使いにくさに困っている方、是非この機会に日本のデータベースについて先生方と議論しませんか。入場は無料です。お申し込みは下記まで。当日受付でもたぶんOK (SK)

注目ニュース：「ナメクジウオかホヤか-オーガナイザーの起源についての研究」

2007-02-14

シュペーマンとマンゴルトによるイモリの原口背唇部の移植実験は発生学の中でも特に有名な実験ですが、高校で生物を履修した方は覚えておられるでしょうか。移植された所に頭部を持つ二次胚が誘導されることから、この移植片はオーガナイザー＝形成体と名付けられ、以来、生物学者が魅了され続ける実験となりました。現在ではマウス、トリ、カエル、ゼブラフィッシュなど様々な脊椎動物で分子機構が調べられ、体の背腹軸決定にはBMPという分子が、前後軸にはWntという分子が重要な役割を共通して果たすことがわかってきました。でもこれは脊椎動物の話で、その祖先にあたる背骨のない脊索動物では体軸の形成はどうなっているのか、オーガナイザーがあるのか無いのかわかっていませんでした。そこで京大や遺伝研とカリフォルニアの研究グループは体が透明で観察のしやすいナメクジウオに注目し、発生期に働く遺伝子を大量に調べて脊椎動物の分子と相同性のある遺伝子を探してみました。するとナメクジウオでは脊索動物の仲間のホヤには無かったBMPやWntをコードする遺伝子が見つかり、脊椎動物と同じ働きをしていることがわかりました。

コラム：「遺伝子の個人差、スニップ以外にもたくさんあった！」を掲載しました

2007-02-11

私たちは誰もが同じ種類の遺伝子をもっていますが、その塩基配列のごく一部は個人ごとに異なっています。こうした遺伝子の個人差はSNPsとよばれ、体質や特定の病気のなりやすさなどを左右すると考えられています。今回、国際コンソーシアムが行った解析により、ゲノムにはSNPsとはまったく異なる遺伝子の個人差も多くあるということがわかりました。日本チームの中心メンバーである、東京大学の油谷浩幸先生にお話を伺いました。

コラム：「8番染色体が詳細に解析され、疾患やヒト化の解明につながる成果も新たに分かってきました」を掲載しました。

2007-02-7

2003年4月のヒトゲノム完全解読宣言以来、各染色体の個別の解析が進められてきました。ヒト8番染色体については日本、アメリカ、ヨーロッパの研究チームにより詳細な解析が行われました。今回、日本チームの責任者を務めた、慶應大学医学部の清水信義教授にお話を伺いました。

注目ニュース：「腸内細菌と肥満の関係」

2006-12-25

私たちの腸には100種以上の腸内細菌が住んでいて、食物の消化を助けるなどヒトの臓器の一部と言っても過言ではありません。体調によって腸や便の具合が変わることは誰しも経験することですが、これは腸内細菌の分布生息状態が変化した結果と考えられます。この分布は腸内細菌そう（腸内フローラ）と呼ばれ、これまでは主に便に含まれる菌を分離培養して調べられていましたが、メタゲノム解析という手法により腸内細菌を全部一緒に混合物のまま調べることができるようになりました。米国の研究者が肥満の人のダイエットセラピー期間の腸内細菌をこの手法で調べたところ、ファーミキューテス菌グループとバクテロイデス菌グループの存在比が大きく変化、肥満とファーミキューテスが関係することがわかりました。食物の分解能がより高いファーミキューテスは栄養の吸収と蓄積を容易にしていると考えられます。この結果は肥満マウスでも確認されました。ただ心配なのは、このような結果がヤセ菌配合などと言ってニセのダイエット食品などの歌い文句に悪用されることです。肥満の原因は遺伝的背景から環境、年齢など様々な要因が関係しており個人ごとに様々です。科学の間違った使われ方には注意しなくてはならないでしょう。(sk)